Το Κέντρο Περιβάλλοντος συνεργάζεται, στα πλαίσια εκπόνησης ερευνητικών προγραμμάτων, με τα Πανεπιστήμια και τα Τεχνολογικά Ιδρύματα της περιοχής. Έτσι, υπάρχουν συνεργασίες με:

• Εθνικό Μετσόβειο Πολυτεχνείο, Εργαστήριο Μηχανών Εσωτερικής Καύσης
  
  
• Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης
  
  
• Πανεπιστήμιο Πατρών
  
  
• Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας
  
  
• Τεχνολογικό Εκπαιδευτικό Ίδρυμα Δυτικής Μακεδονίας
  

• Εθνικό Κέντρο Έρευνας και Τεχνολογικής Ανάπτυξης / Ινστιτούτο Τεχνικής Χημικών Διεργασιών
  
  
• Εθνικό Κέντρο Έρευνας Φυσικών Επιστημών (Ε.Κ.Ε.Φ.Ε. «ΔΗΜΟΚΡΙΤΟΣ»)